こんばんは。
MTAは、のう胞にではなくて、根管（※尖端側）に、少しだけ使用します。
（写真を添付しておきます。
歯根を裏から覗いたところで、歯質でドーナツ状になっているところの中心がMTAです）
個人的には必須の材料なのですが、使わなくてはいけないものでもないですし、使用した場合には手術自体が自費になると思います。
のう胞の部分には、何も入れずに自然治癒を待つ先生も多いのと思いますが、血がたまりやすい様に吸収性のコラーゲンや骨補填材などを使用される先生もおられますね。
のう胞の除去が目的ではなくて、感染源（根管内の細菌）の除去と蓋（MTAなど）がされてさえいれば、材料は何でも良いと思いますよ。
歯磨きについてはニュアンスが難しいのですが、糸をひっかけない様に注意して軽くされる分には、私は良いと思います。
怖かったら、しなくても全く問題ないですよ。
腫れてそうですが、お大事にして下さいね。
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