実際の状況がわからないので何とも言えませんが、基本的に、後遺症のリスクについては誰が抜くかよりもほとんどは元々の親知らずの位置に依存していると思います。
親知らずの状態も様々ですが、その先生も不安だったら大きい病院を紹介して下さっているのではないでしょうか。
大きい病院であれば例えば術中に大量出血が起きた場合（かなり稀です）にすぐに他科と連携を取ってもらえるから安心だとか、後遺症が残っても大きい病院でやってもらって駄目だったんだから仕方ないと諦められるかも、とか、数をこなしてるので処置時間が短い（待ち時間はむしろ長い場合も多いと思いますが）とか、その辺りがメリットの様な気がします。
かかりつけの先生が気に入っていて、その先生がご自身で抜くと言ってくださっているのなら、お任せしてもいいと思いますよ。
その先生も不安だったら大きい病院を紹介して下さっていると思います。
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