初診でCT撮影ということはすべて自費の医院を受診されるということですよね？
保険の初診で歯周病の診査目的のCT撮影は出来ませんので、CTでなかったとすれば被ばく量も比較にならないほど低くなりますよ。
当院（自費専門）でも初診でCT撮影は行うことが多いですが、特に歯周病の診査の上では必須ではなく、説明がしやすくなるので希望があれば診断目的ではなく説明ツールのひとつとして撮影している、という感じです。
ご不安であれば他のエックス線撮影方法（デンタルエックス線撮影等）で代えても全く問題ありませんし、特に今回はまだそこで治療を受けるかどうかも決まって様な状態なのですから、申し出られてはいかがでしょうか。
ただ被ばく量に関しては、メーカー公表値にバラつきが大きく正確ではありませんが、歯科用CT３回で医科用の頭部CT撮影１回分にもならないぐらいだと思いますので、健康に害があるかも？とか、そういうレベルを想像する必要はないでしょうね。
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